Di fase kedua, masing-masing tim melakoni enam pertandingan dan dua tim teratas berhak melaju ke fase ketiga.
Total ada 16 tim yang lolos ke fase ketiga dan terbagi lagi menjadi empat grup yang berisikan empat tim.
Sama dengan fase kedua, di fase ketiga, tiap tim melakoni enam pertandingan dengan dua tim teratas lolos ke babak perempat final.
Di babak perempat final dan semifinal, masing-masing tim melakoni dua pertandingan kandang dan tandang.
Nantinya dua tim terbaik akan melenggang ke babak final dan memperebutkan trofi Paulista U-17.
