Hal ini berbeda dengan musim lalu yang masih diikuti puluhan klub.
Berdasarkan hasil Kongres Tahunan PSSI 2024 pada tanggal 3 Juni 2024 dan Hasil Rapat Komite Eksekutif PSSI tanggal 11 Juni 2024, Komite Eksekutif PSSI memutuskan beberapa hal.
Pertama, PSSI mendelegasikan wewenang dalam hal pengelolaan dan pelaksanaan kompetisi Liga 3 2024/2025 hingga musim-musim berikutnya kepada PT Liga Indonesia Baru (LIB).
Kedua, LIB yang bisa disebut sebagai operator liga juga bertanggung jawab penuh dalam penyediaan anggaran dan pendistribusian hak komersial atas penyelenggaraan kompetisi Liga 3 ini.
Ketiga, kompetisi Liga 3 2024/2025 akan dilaksanakan pada periode tanggal 2 November 2024 sampai dengan 20 Februari 2025.
Keempat, peserta kompetisi Liga 3 2024/2025 berjumlah 18 klub.
