Dari 16 pertemuan, kekalahan terbesar yang dialami Indonesia terjadi di turnamen Merddeka pada 10 Agustus 1976 dengan skor 0-6.
Sementara itu, kemenangan terbesar Indonesia atas Tim Negeri Matahari Terbit adalah dengan skor 7-0 di turnamen persahabatan yang digelar di Kuala Lumpur, Malaysia.
[Baca Juga: 2 Alasan Jay Idzes Dipilih jadi Kapten saat Indonesia vs Jepang]
Head-to-Head Timnas Indonesia vs Jepang
1 Mei 1954 Jepang vs Indonesia: 3-5 Pesta Olahraga Asia (Asian Games)
6 Agustus 1967 Jepang vs Indonesia: 2-1 Kualifikasi Piala Asia 1968
11 Agustus 1968 Indonesia vs Japan: 7-0 Merdeka Tournament
8 Agustus 1970 Jepang vs Indonesia: 4-3 Merdeka Tournament
16 Desember 1970 Jepang vs Indonesia: 2-1 Asian Games
5 Agustus 1972 Jepang vs Indonesia: 0-1 Laga persahabatan
7 Agustus 1975 Jepang vs Indonesia: 4-1 Merdeka Tournament
10 Agustus 1976 Jepang vs Indonesia: 6-0 Merdeka Tournament
15 Juli 1978 Indonesia vs Jepang: 2-1 Merdeka Tournament
31 Mei 1979 Jepang vs Indonesia: 4-0 Japan Cup
11 Juli 1979 Jepang vs Indonesia: 0-0 Merdeka Tournament
24 Februari 1981 Indonesia vs Japan: 2-0 Laga persahabatan
14 September 1981 Jepang vs Indonesia: 2-0 Merdeka Tournament
28 Mei 1989 Indonesia vs Jepang: 0-0 Kualifikasi Piala Dunia 1990