Klub ini berdiri di 2014 dengan nama Putra Ijen FC, kemudian menjadi Putra Sinar Giri (PSG) FC di 2018, dan berganti ke PSG Pati pada 2020.
Kehadiran Atta Halilintar dan pengusaha Putra Siregar sebagai petinggi akhirnya mengubah nama klub menjadi AHHA PS Pati di 2021.
Pada musim 2023/2024 Bekasi City menyelesaikan fase reguler sebagai tim juara Grup 2.
Dengan hasil tersebut, Bekasi City berhak mengikuti Championship dan berjuang untuk promosi ke Liga 1.
Namun di Championship, Bekasi City FC gagal ke semifinal dan terhenti di 12 besar.
