Honda kemudian kembali berpartisipasi lagi di F1 pada era tahun 2000-an (2000-2008) atau era ketiga dimana Honda berhasil menjuarai F1 Grand Prix Hungaria 2006.
Baca juga: Detik-detik Mobil Verstappen Nyaris Terbalik di F1 GP Hungaria 2024
Pada era Turbo Hybrid (2015-2025), Honda kembali berprestasi. Bersama tim Red Bull Racing, Honda berhasil mengantar Max Verstappen jadi juara dunia F1 2021 di kategori pembalap, dan juara dunia pembalap dan konstruktor pada 2022 dan 2023.
Honda berencana kembali di musim F1 2026 mendatang dimana Honda telah mengumumkan kemitraannya dengan tim Aston Martin.
